Der Zypernsteinschmätzer ist in Zypern endemisch und eine von insgesamt 11 festgestellten Steinschmätzer-Arten auf Zypern.

Es gibt große Bestände dieser Art in Zypern und sie wird in der Roten Liste der IUCN als nicht gefährdet (Least Concern) eingestuft. Der Bestandstrend gilt als stabil. Bei Zählungen schwankte der ermittelte Bestand jedoch stark. 

2016 schätzte BirdLife International die Populationsgröße und kam auf 40.000 bis 100.000 Brutpaare beziehungsweise 80.000 bis 200.000 adulte Individuen, was von der IUCN in der Roten Liste in der Version von 2019 übernommen wurde. Als Bedrohungen für den Zypernsteinschmätzer sind der auf Zypern noch immer praktizierte Fang mithilfe von Leimruten und Japannetzen und der Abschuss in den Durchzugsgebieten in Nordostafrika bekannt.