Flussseeschwalben brüten in großen, lauten Kolonien und verteidigen gemeinsam ihre Nester gegen Fressfeinde wie Großmöwen, Rabenkrähen oder Füchsen. Brutflöße werden von ihnen gerne angenommen und schützen die Vögel zumindestens vor Fressfeinen, die sich ihnen auf dem Landweg nähern. Wie alle Seeschwalben ist auch die Flussseeschwalbe ein eleganter Flieger, der seine Beute vor allem durch Stoßtauchen aus dem Wasser fischt. Auf der Nahrungssuche legt sie zuweilen weite Strecken zurück.